유전자분석

좌충우돌 BLAST+ 설치 방법

바로 어제까지만 해도 BLAST가 뭔지도 몰랐습니다. (유전자 서열 분석하는 도구라고 하네요…유전자 서열을 넣으면 어느 위치인지 찾아준대요~~>.,<)

BLAST 를 소스레벨에서 설치해보려고 합니다. (사실은 BLAST가 apt-get 으로 설치되는지 몰랐습니다…하하하…)

  •  참고 -BLAST 간편 설치 법  : sudo apt-get install ncbi-blast+
  •  거기다가 DB 업데이트 방법 :
    cd $BLASTDB
    sudo update_blastdb --passive --timeout 300 --force --verbose nr
    ls *.gz |xargs -n1 tar -xzvf
    rm *.gz.*
    
    
  • 거기다가 블라스트 DB 사용법 :
    blastp -db nr -query somesequence.fasta

 

  •  자세한 내용 : http://www.blopig.com/blog/2014/04/quick-standalone-blast-setup-for-ubuntu-linux/ 요기를 참고 하세요~

일단 다운로드 받고, (위치 : ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 요기에서 ncbi-blast-2.7.1+-src.tar.gz 를 받았습니다. (x64를 받았어야 하나?)

압축을 풀고, ( 데스크탑 버전이라 압축관리자가 알아서 풀어주네요. 그래도 ‘tar -xzvf ncbi-blast-2.7.1+-src.tar.gz 이러면 풀릴껄요?)

./configure 하고 ( 위치 : ncbi-blast-2.7.1+-src/c++/ 아래에 있네요. )

cd ./c++/ReleaseMT/build/ 하고

/usr/bin/make all_r 이라고 하면 끝이라고 했는데…한 30분 컴파일 하더니 퍽 하구 에러가 나버렸네요. (캡쳐를 못했어요~~)

blast 에서  lmdb.h 이 파일을 못찾는다고 나왔습니다….

그래서~

sudo apt-get install libgflags-dev libgoogle-glog-dev liblmdb-dev 이렇게 해줬는데…

다시 컴파일 하니 …/status/.lmdb.dep 타겟을 만들 규칙이 없습니다. 라고 뜨네요..

자 그럼 이제 뭘 해야 할까요?

 

일단 비쥬얼스튜디오에서 처럼 외부파일에 문제가 발생했을 경우, 리빌드할 때 빌드폴더를 날려버린 기억이 있어서 build 폴더를 날려버렸습니다.

그리고 다시 ./configure 부터 실행 한 후 make 하니까 드디어 성공했습니다. ( 뭐 환영인사나 축하한다는 말은 없는 듯 합니다 ^^)

그런데 사용법을 모릅니다 ㄷㄷㄷ.

그래서 또 다시 구글을 뒤지기 시작했구요.

 

의외로 사용법이 쉬웠습니다. (참고로 저는 NCBI의 데이터베이스를 사용하려는게 아니구, 갖고 있는 레퍼런스 개늠(?)이 존재하기 때문에 아래와 같은 명령어를 썼습니다.)

…/ncbi-blast-2.7.1+-src/c++/ReleaseMT/bin/blastn -query WhatIwant.fasta -subject ReferenceGaeNom.fasta -out test_20180627.txt

  •  빌드를 하고 나면 ReleaseMT/bin/ 아래에 실행파일들이 생기네요. 이 파일들을 시스템에 등록을 해도 되지만… 안그랬습니다.

blanstn -h 로 옵션을 확인해 보니 -help 로 하라고 나오네요.

blastn -help 를 해보니 저는 -subject 옵션을 써야 하더군요.

아주 쉽게 원하는 데이터를 뽑아내었습니다. 이제 이 데이터를 가공해서 유전자 분석 자동화를 만들수 있겠네요.

참고한 사이트입니다.

이 외에도 많았는데, 크롬 창이 갑자기 닫혀 버려서 날라갔습니다. 다음에 참고 될 때 또 올리도록 하겠습니다.

 

11 thoughts on “좌충우돌 BLAST+ 설치 방법

  1. Sorry for making you review this message which is most likely to be considered by you as spam. Yes, spamming is a bad point.

    On the other hand, the very best means to learn something brand-new, heretofore unknown, is to take your mind off your everyday hassles and show passion in a topic that you might have considered as spam before. Right? [url=https://kingswayjewelry.com/]his ring[/url]

    We are a group of young men who have made a decision to start our very own organisation as well as make some cash like many other individuals on Earth.

    What do we do? We provide our site visitors a large option of remarkable handcrafted rings. All the rings are made by the finest craftsmen from all over the United States.

    Have you ever before seen or worn a green opal ring, timber ring, fire opal ring, Damascus ring, silver opal ring, Turquoise ring, blue opal ring, pink ring, meteorite ring, black ring or silver ring? This is only a small component of what you can always locate in our store.

    Made in the U.S.A., our handmade rings are not simply gorgeous as well as original gifts for, claim, a wedding event or birthday, yet also your talisman, a thing that will certainly bring you all the best in life.

    As payment for your time invested in reviewing this message, we offer you a 5% discount rate on any kind of item you are interested in.

    We are looking forward to conference you in our shop!

  2. Sorry for making you read this message which is probably to be taken into consideration by you as spam. Yes, spamming is a negative thing.

    On the other hand, the most effective means to learn something brand-new, heretofore unknown, is to take your mind off your everyday headaches and also reveal interest in a topic that you might have thought about as spam before. Right? [url=https://kingswayjewelry.com/]black ring[/url]

    We are a team of young people who have chosen to start our own service as well as make some cash like several other people on Earth.

    What do we do? We provide our visitors a large selection of terrific handcrafted rings. All the rings are made by the best artisans from all over the United States.

    Have you ever before seen or used a green opal ring, timber ring, fire opal ring, Damascus ring, silver opal ring, Turquoise ring, blue opal ring, pink ring, meteorite ring, black ring or silver ring? This is only a tiny part of what you can always locate in our store.

    Made in the USA, our handmade rings are not just beautiful as well as initial gifts for, say, a wedding celebration or birthday celebration, however likewise your talisman, a thing that will definitely bring you best of luck in life.

    As payment for your time invested in reading this message, we give you a 5% price cut on any item you want.

    We are expecting conference you in our shop!

  3. Агрегатор яндекс такси по городу Самара даёт возможность вам вызвать машинув указанное время и место. Сделать заказ авто вы можете тремя способами: через специальное мобильное приложение, закачав его, на сайте, по телефону яндекс такси. Нужно написать время когда нужна авто, свой номер сотового телефона, адрес.

    Заказывают Яндекс такси с детским креслом для перевозки детей, в вечернее время после посиделок надежнее воспользоваться такси, чем садиться в транспорт нетрезвым, в аэропорт или на вокзал удобнее воспользоваться Yandex такси и не искать где разместить свою машину. Оплата выполняется безналичным или наличным платежом. Время подъезда Yandex такси составляет от 5 до десяти минут примерно.

    Положительные моменты работы в Я. такси: Моментальная регистрация в приложение, Незначительная комиссия, Выплаты мгновенные, Постоянный поток заказов, Оператор круглыми сутками на связи.

    Для выполнения работ в такси владельцу автомобиля необходимо оформиться лично и средство передвижения, это в целом займет не больше 5 мин. Процент агрегатора составит не свыше пятнадцать процентов. Вы можете с легкость получить зарплату в любое время. У вас всегда обязательно будут заказы. В случае вопросов возможно установить связь с круглосуточно функционирующей службой сопровождения. Яндекс такси даёт возможность гражданам быстро доехать до нужного места. Заказывая современное Яндекс такси вы получите шикарный сервис в г. Самара.

    устроиться на работу в такси – [url=https://centrsnab163.ru]работа в такси самара на личном[/url]

  4. У нас вы найдете Проектирование ЛОС, а также биозагрузка купить, мы можем произвести Насосы для скважин. Бурение неглубоких скважин, Поиск полезных ископаемых, Обслуживание систем водоснабжения.

    В компании вы можете купить КАНАЛИЗАЦИОННЫЕ ДРОБИЛКИ, Емкости пожарные, топливные, химические, для пищевой промышленности, для питьевой воды, для кислот и т.д., Мешалка на заказ, Шнековые обезвоживатели осадка, Распределительные колодцы, Ершовая загрузка, Канализационные насосные станции (КНС), ОДЪЕМНЫЕ УСТРОЙСТВА И МЕТАЛЛОКОНСТРУКЦИИ Промышленные металлоконструкции, ВОДООЧИСТНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ Канализационные насосные станции (КНС), ПОДЪЕМНЫЕ УСТРОЙСТВА И МЕТАЛЛОКОНСТРУКЦИИ Шнековые конвейеры, ОЧИСТКА ЛИВНЕВЫХ СТОЧНЫХ ВОД Нефтеуловитель, НАСОСНОЕ И КОМПРЕССОРНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ (Грунфос, КСБ, Вило, КИТ, Взлёт, ТВП) Консольные насосы, ВОДОПОДГОТОВКУ Промышленные установки обратного осмоса, а также все для автомойки Очистное сооружение для моек легкового транспорта.

    В Сервисе диагностирует скважины, производит Обслуживание системы водоподготовки.

    центрифуги для обезвоживания осадка а главное блоки биологической загрузки для очистных сооружений [url=https://bbzmos.ru]блок биологической загрузки ббз 45[/url]

  5. Если авто стекло трескается и потребуется замена, то вам в сервисе 2 видов стеклов: оригинальное и бывшегоупотребления. Вам решать какое устанавливать на своё авто.

    Лобовые стёкла от автомобиля, как и любые другие зап. части автомобиля, делятся на уникальные и от производителей других фирм. Оригинальные лобовых стёкл издаются либо на АВТОЗАВОДЕ, занимающемся выпуском автомобилей, либо у поставщиков автоконцерна, выпускающих запасные части по лицензии производства, которые напрямую устанавливаются в производимые машин.
    Магазин авто Фуяо Групп реализует Автостекла по всем городам России.
    Установкой Автостекл Занимается наша фирма.

    Полировка авто стёкл.
    Очень распространенным дефектом настоящего автомобиля считается потеря автомобильным стёклом прозрачности из-за потёртостей, царапин, как правило, от стеклоочистителей. В угоду безопасности транзитников фирмы-производители производят автостекла из довольно мягких видов стекла, что и делает этот несовершенство часто встречающимся.
    Частые повреждения автомобильных стёкл бывают: незначительные, глубокие, средние повреждения.
    Наша фирма устанавливает автомобильные стёкла как на отечественные, так и на зарубежные машины а также на грузовые автотранспорт.
    Фуяо производит автостекла на заказ.

    Официальный склад-офис автостекол [url=https://hobook.ru/]автостекла Самара[/url]

  6. Hello! Мы -студия разработки и создания сайтов. Меня зовут Антон, я основатель большой группы оптимизаторов, копирайтеров, профессионалов, специалистов, линкбилдеров, разработчиков, link builders, рерайтеров/копирайтеров, маркетологов. Мы – являемся группой профессиональных фрилансеров. Созданная нами команда квалифицированных специалистов вашему веб-сайту занять топ 3 в выдаче поисковой машины каждой системе. Для вас мы предлагаем высококачественную раскрутку интернет-сайтов в поисковых сервисах! У всех без исключения сотрудников представленной команды за плечами гигантский профессиональный путь, мы чётко знаем, как грамотно создавать ваш интернет-сайт, выдвигать его на 1 место, преобразовывать трафик в заказы. Мы вам предлагаем бесплатное предложение по раскрутке любых вебсайтов. Ждем Вас!

    бесплатное сео продвижение [url=https://seoturbina.ru]бесплатное сео[/url]

  7. Hello! Мы команда СЕО экспертов которые занимаются раскрутки и продвижения интернет-проектов в любых видах поисковых системах, а также в социальных сетях. И меня зовут Антон, я создатель группы рерайтеров/копирайтеров, link builders, маркетологов, линкбилдеров, профессионалов, разработчиков, копирайтеров, оптимизаторов, специалистов. Мы – команда опытных фрилансеров. С нами Ваш личный интернет-проект начнет занимать лучшие позиции в поисковиках Гуглb и Яндекс. Наша фирма предлагает лучшую раскрутку online-сайтов в поисковых серверах! SEO-специалисты которые задействованы в команде прошли гигантский профессиональный путь, нам известно, каким способом грамотно создавать ваш личный интернет-сайт, выдвигать его на 1 место, преобразовать web-трафик в заказы. Наша seo командапредставляет вам лично совершенно бесплатное предложение по продвижению всех ваших онлайн-сайтов. С нетерпением ждем Вас.

    бесплатное поисковое продвижение сайта [url=https://seoturbina.ru]бесплатное продвижение сайта в поисковых системах[/url]

  8. Здравствуйте! Мы команда СЕО специалистов которые занимаются раскрутки и продвижения online-сайтов в многочисленных типах поисковых системах, а также в социальных интернет-сетях. И меня зовут Антон, я создатель компании оптимизаторов, профессионалов, копирайтеров, разработчиков, link builders, маркетологов, специалистов, рерайтеров/копирайтеров, линкбилдеров. Мы – компания профессиональных фрилансеров. Ваш онлайн-сервис выйдет с нами на сверхновую высоту. Для вас мы предлагаем лучшую раскрутку онлайн-проектов в поисковых системах! Наши специалисты прошли колоссальный профессиональный путь, мы в точности знаем, как грамотно делать ваш личный интернет-сервис, продвигать его на 1 место, трансформировать трафик в заказы. Наша сео командапредлагает вам бесплатное предложение по продвижению любых online-проектов. Ждем Вас!

    бесплатное сео продвижение [url=https://seoturbina.ru]бесплатное сео сайта[/url]

  9. Spring cleaning the premises is a good case implement cleaning the house, private households and offices, apartments.
    Streets, courtyards, gardens, squares and urban territories should not only clean up from winter dirt Spring cleaning is an opportunity to do a huge mass of work on tidying up urban areas, on the street, at home.
    Streets, courtyards, parks, squares and urban square need not only clean up after last winter, take out the garbage, but also prepare for the seasonal period. For this purpose need to be restored damaged sidewalks and curbs, repair broken small architectural forms sculptures, flowerpots,artificial reservoirs,benches, fences, and so on, refresh fences, painting and many other things.
    Our firm does spring cleaning site urgently in areas , but with joy we will help tidy up .
    Trained specialists production company Hilltop Village ready to hold spring cleaning services.

    We hold spring cleaning site urgently in areas , but with pleasure we can tidy up .
    Our specialists Sunnyside do complex spring cleaning of territories.
    Our Corporation cleaning famous company Concourse COLE, is engaged spring cleaning cottages in Bellerose under the direction of DEANNE.

    The cleaning service company Greenwich Village : [url=https://springcleaning.pro]Spring cleaning website[/url]

  10. Наша специализированная компания выполняет услуги по реконструкции и очистки водопроводов новым методом гидродинамической очистки на новом оборудовании. Использование такого способа гарантирует возобновление параметров стальных труб к исходному уровню, убавляются затраты электроэнергии на 15%, повышается продолжительность эксплуатации трубопровода на 20 лет до капремонта, увеличиваются интервалы между профилактическим сопровождением.
    Выполняем необходимые работы, скажем:
    Внутренние канализационные системы-текущий, плановый, аварийный ремонт.

    Отчего выбирают данную организацию?
    Великий опыт работы – более сотни восстановленных очистных сооружений в Нашем государстве и за её рубежами, присутствие всех лицензий и разрешений на осуществление строительно-монтажных и технических работ, создание и проектирование экологического, безопасного, энергосберегающего, очень эфективного оборудования, послегарантийное техобслуживание, высокопрофессиональный и серьезный обслуживающий персонал.

    Диагностика скважин : [url=https://akvasos.ru/]Очистка обсадной колонны от коррозионных отложений[/url]

  11. What do you really feel when you tidy up your house? Certainly you are bewildered with a feeling of satisfaction, complete satisfaction, as well as delight, as if you mosted likely to a MEDSPA salon, did a new manicure or wash your car.

    Our firm provides you to present yourself and also your family a genuine gift – to order house maid service queens and also get genuine satisfaction without doing anything! Our cleaning firm cleanses houses in Rich.

    House Maids Staten Island put things in order, dry and damp clean, remove dirt, clean meals, home windows and floorings, iron clothing as well as remake a great deal of other house chores. Make use of single solutions housemaid or become part of a permanent solution contract.
    Purchasing our cleaning company such as house maids New York City, you save your time and also physical stamina. We know how to beat the really stubborn spots on any surface areas, ruin rust and also offer the furniture its initial appearance.

    We give only qualified house cleanings with experience in our cleansing firm, which was trained in our firm, mosted likely to real customers for various sorts of cleansing, as well as has experience in the family members.
    In our job, we use just hypoallergenic as well as secure cleaning agents, so if you have kids or pet dogs, you can not worry.
    You simply need to leave a demand to ensure that we can describe as well as inform you every little thing thoroughly. Call us, contact us as well as we will put your house in order.

    Maids cleaning company NYC : [url=https://maidsmanhattan.club]maids nj[/url]

댓글 남기기

이메일은 공개되지 않습니다. 필수 입력창은 * 로 표시되어 있습니다